Le informazioni sono state tratte dal libro "Mesero ed il suo Santuario - note storiche religiose" scritto da Don G. Airaghi in occasione della Festa di San
Bernardo nell'anno Santo 1950.Dove c'è ora il Santuario esisteva una piccola Chiesa dedicata alla Madonna di San Bernardo. Questa piccola Chiesa era frequentata da molte persone anche forestiere, ma era ridotta in pessimo stato.
Tutta la popolazione voleva costruire una nuova chiesa, però occorreva il permesso
dei Padri Certosini che erano proprietari del luogo.Il 28 novembre 1611 presso il Notaio Giampiero di Milano i Signori Giulio Cesare Scarioni e Cesare Berra chiesero ai Padri Certosini la cessione di mezza pertica di terreno per costruire la chiesa.
Subito i Padri Certosini accettarono ed in breve tempo il popolo costruì la nuova chiesa.
La nuova chiesa era sempre dedicata alla Madonna di San Bernardo, ma la Madonna concesse moltissime grazie tanto che il popolo cambiò il nome in "Santuario" e "Madonna dei Miracoli".
Nel 1667 i Certosini dotarono il santuario di un meraviglioso altare in legno, di un crocifisso e più tardi il 17 ottobre 1718 la magnifica statua di San Brunone.
Sopra l'altare venne posto un nuovo affresco della Vergine Addolorata, è una tipica pietà del seicento, e sul retro è ancora visibile l'affresco più antico dell'Addolorata risalente al XVI secolo.Il 30 marzo 1940 l'Arcivescovo visitando il Santuario disse che serviva una buona decorazione. Solamente dopo la fine della Seconda Guerra Mondiale il pittore Giulio Carminati di Treviglio iniziava i lavori di affrescatura, era il 1949; solamente nel maggio del 1950 il Santuario risultava maestralmente dipinto.
I primi interventi di restauro avvennero nel 1955 quando il falegname Ercole Pallavicini riparò le scale ed i ripiani del campanile, nel 1960 e 1967 venne sistemato il tetto e nel 1968 vennero restaurati gli affreschi e nella fine degli anni 90 iniziarono i lavori di restauro della facciata esterna.